Deep Web are și el un început , mai exact în armata SUA care căuta sa comunice cu cei de pester graniță, fără a fi detectați. Astfel în 1995 a apărut conceptul de The Onion Router Project sau TOR .

  În 2004 acest proiect a fost facut public și doi ani mai târziu a apărut serviciul care funcționeaza și azi și care este o poartă spre Deep Web.

   Onion routing se bazează pe principiul trecerii unei adrese de IP prin mai multe noduri până să ajungă la site-ul pe care vrea să îl acceseze. Astfel, încercând IP-ul sursă vei da dintr-un nod în altul, ca și la foile de ceapă, de aici și numele.

   Site-urile care fac parte din Deep Web folosesc un alt tip de criptare și folosesc acest mod de a devia semnalul dintr-un nod în altul. Browser-ele obișnuite nu sunt capabile să creeze un astfel de site, pe care mai mult, nici nu îl pot indexa.